Bom Jesus, primeiramente denominado Chapecózinho, era habitado pelos índios Guarani e Kaingang, sendo que a área onde se localiza hoje a sede do município era utilizada como cemitério indígena.

Estas mesmas terras também serviram de palco para um dos maiores acontecimentos históricos de Santa Catarina, que foi a Guerra do Contestado, pois serviu de parada e passagem dos seguidores do Monge São João Maria.

Na década de 40, foi construída a primeira balsa sobre o Rio Chapecózinho. Anteriormente à balsa, a passagem era feita a pé ou a cavalo.

Por volta de 1954 foi feita a primeira ponte de madeira. Logo após, em 1959, foi feita a primeira barragem com uma pequena usina, mais tarde a usina foi ampliada chegando a gerar energia elétrica para o município de Xanxerê. Alguns anos depois a ponte de madeira foi substituída por uma de concreto.

Bom Jesus passou a município em 1995. Hoje é composto por 9 comunidades, incluindo a sede. A sua economia baseia-se fundamentalmente na agropecuária.